Выдержал паузу в 1000км - теперь рассказываю.
После прошивки и адаптации коробки проехал 1000км. Никаких дерганий не наблюдается.
Ездил в разных режимах: grandma и длительно спортивном (50км на режиме спорт/типтроник с разгонами и торможениями; дрифт с ASR-off насколько это возможно на переднем приводе ).
Все в полном порядке во время и после этих заездов.
Будем надеятся это конец темы.

Совет тем у кого такие симптомы появятся (лучше конечно чтоб не появлялись):
не спешите настаивать на замене агрегатов по гарантии, попробуйте программный уровень.
Если прошивка "сбилась", можно поменять три коробки и результата не будет.

Всем спасибо за советы и участие.